Сам факт подачи декларации с исчислением суммы налога к возмещению из бюджета не означает автоматического получения налогоплательщиком права на возмещение налога путем зачета в счет уплаты задолженности по НДС.

Общество представило в Инспекцию уточненные налоговые декларации по НДС за несколько налоговых периодов, в которых налог был исчислен как к возмещению, так и к уплате.
Налогоплательщик не уплатил отраженный к доплате НДС, поскольку полагал, что задолженность по налогу перекрывается суммой налога, исчисленной к возмещению.
Налоговый орган, в свою очередь, направил Обществу требование об уплате налога, а затем списал задолженность на основании выставленных инкассовых поручений.
При рассмотрении спора, суд руководствовался следующим.
Согласно статье 54 Налогового кодекса РФ налогоплательщики-организации исчисляют налоговую базу по итогам каждого налогового периода на основе данных регистров бухгалтерского учета и (или) на основе иных документально подтвержденных данных об объектах, подлежащих налогообложению либо связанных с налогообложением.
При обнаружении ошибок (искажений) в исчислении налоговой базы, относящихся к прошлым налоговым (отчетным) периодам, в текущем налоговом (отчетном) периоде перерасчет налоговой базы и суммы налога производится за период, в котором были совершены указанные ошибки (искажения).
Таким образом, налогоплательщики обязаны исчислять и уплачивать налог в том налоговом периоде, к которому этот налог относится согласно учетным документам.
Абзацем 2 пункта 1 статьи 176 Налогового кодекса РФ установлено, что после представления налогоплательщиком налоговой декларации налоговый орган проверяет обоснованность суммы налога, заявленной к возмещению, при проведении камеральной налоговой проверки в порядке, установленном статьей 88 Кодекса.
Согласно пункту 3 статьи 176 Налогового кодекса РФ после проведения камеральной проверки и отсутствия выявленных нарушений налоговый орган обязан принять решение о возмещении полностью суммы налога, заявленной к возмещению.
Заявленные Обществом в уточненных декларациях к налоговому вычету суммы НДС могли быть зачтены инспекцией лишь по результатам проведения камеральной налоговой проверки уточненных налоговых деклараций по налоговым вычетам, срок проведения которой согласно статье 88 Налогового кодекса РФ составляет три месяца со дня представления деклараций. До даты вынесения решений сумма НДС, подлежащая возмещению из бюджета, не может уменьшать недоимку по налогу, т.к. фактически еще не является таковой.