Основанием для доначисления налогов по общей системе, исчисления пеней и штрафов явился вывод инспекции о том, что Общество, являясь таможенным перевозчиком и применяя систему налогообложения в виде УСН с объектом налогообложения "доходы", заключало с контрагентами агентские договоры об организации перевозки автотранспортом экспортных и импортных грузов лишь для вида, с целью прикрыть сделки по осуществлению международных автомобильных перевозок. 

Поступившие от заказчиков по договорам на перевозку грузов в международном сообщении, в соответствии с которыми Общество является перевозчиком, денежные средства были включены инспекцией в сумму доходов налогоплательщика. И поскольку, начиная с 01.04.2011, Обществом допущено превышение предельного размера дохода, учитываемого при применении УСН, инспекция признала Общество утратившим право на применение данной системы налогообложения.

В ходе судебных разбирательств было установлено, что с целью соблюдения условия применения Обществом упрощенной системы налогообложения, с клиентами заключались одновременно два договора: агентский договор и договор перевозки, имеющие одинаковые номера. При этом заключение агентских договоров осуществлялось с целью прикрытия другой сделки, а именно осуществление международных автомобильных перевозок на основании договоров перевозки.

Вывод судов о фактическом осуществлении обществом деятельности по международной перевозке грузов автомобильным транспортном основан на том, что документы об исполнении агентских договоров не оформлялись, вознаграждение агента не рассчитывалось и не уплачивалось, счета-фактуры на сумму вознаграждения по агентскому договору не выставлялись, в бухгалтерском учете Общества полученные от клиентов денежные средства учитывались налогоплательщиком как выручка от реализации товаров (работ, услуг). Как пояснили контрагенты Общества, агентские договоры заключались по инициативе заявителя, фактически им выполнялась перевозка грузов.

Кроме того, выявлено, что в международных товарно-транспортных накладных (CMR), представленных налогоплательщиком в ходе проведения мероприятий налогового контроля, в графе 16 СМР в качестве перевозчика товара указано Общество, что является подтверждением осуществления налогоплательщиком деятельности на основании договоров на перевозку грузов в международном сообщении. Из сведений, содержащихся в актах сверки, составленных совместно с заказчиками услуг, также следует выполнение Обществом именно условий договоров перевозки, а не агентских договоров.

По результатам исследования и оценки представленных в материалы дела доказательств и доводов сторон, суды подтвердили выводы инспекции о том, что представленные налогоплательщиком агентские договоры и иные документы не имеют под собой действительного экономического смысла, их составление направлено на получение необоснованной налоговой выгоды в виде уменьшения налоговой базы, а именно размера дохода, полученного при оказании деятельности по международной перевозке автомобильным транспортом с целью сохранения права на применение УСН.