Судами сделан неправомерный вывод об отсутствии у Общества права на применение налогового вычета по НДС, в связи с уплатой налога за счет собственных средств в нарушение положений законодательства о налогах и сборах, обязывающих налогового агента удерживать и уплачивать данный налог из доходов налогоплательщика.

Общество, заключив с иностранной фирмой технологическое лицензионное соглашение и соглашение о предоставлении услуг технического содействия по улучшению работы предприятия, обязалось уплачивать ежеквартально фирме лицензионный гонорар по первому соглашению и ежеквартально вознаграждение, по второму.
В инвойсах иностранной фирмы была предусмотрена графа для показателя налога на добавленную стоимость в размере ноль процентов. Вместе с тем Общество уплатило в бюджет сумму налога на добавленную стоимость по названным операциям и отразило эту сумму в налоговой декларации в составе налоговых вычетов, но инспекция отказала в принятии этой суммы к вычету.
Арбитражные суды, рассматривающие данное дело, согласились с доводами инспекции об отсутствии у Общества права на применение налогового вычета в указанной сумме, исходя из вывода об уплате Обществом этого налога за счет собственных средств в нарушение положений законодательства о налогах и сборах, обязывающих налогового агента удерживать и уплачивать данный налог из доходов налогоплательщика.
Вместе с тем, по мнению коллегии судей ВАС РФ, в данном случае судами было допущено неправильное толкование норм материального права, определяющих порядок и основания применения налогового вычета по налогу на добавленную стоимость (статья 172 Кодекса), и не учтены положения статьи 166 Кодекса, определяющей порядок исчисления налога.
Налогооблагаемой базой по налогу на добавленную стоимость в данном случае являлась сумма гонораров, уплаченных Обществом по каждой из совершенных им с иностранной фирмой операций. Обществом исчислен налог от сумм гонораров, указанных в актах приема и передачи, и фактически уплачен в бюджет, то есть им исполнены обязанности налогового агента, предусмотренные статьями 161, 166 Кодекса.
Денежные средства, выплаченные Обществом в виде гонорара для иностранной фирмы, также как исчисленная и уплаченная им в бюджет сумма налога представляют собою часть средств, полученных Обществом от реализации произведенной им продукции.
Оценка экономической целесообразности условия соглашения по вопросу исчисления гонорара не относится в соответствии с положениями главы 21 Кодекса к общим условиям реализации права на налоговый вычет по налогу на добавленную стоимость. Исполнение обязанности по уплате налоговым агентом налога на добавленную стоимость не может находиться в зависимости от условий договора с иностранной фирмой.
По мнению коллегии судей, в данном случае не имеется правовых оснований для отнесения действий Общества по уплате им в бюджет налога к неправомерным, исключающим реализацию права на налоговый вычет лишь в связи с тем, что Общество перечислило фирме гонорар в размере, указанном в инвойсе, без уменьшения на сумму налога, и внесло в бюджет этот налог, исчислив его сверх суммы гонорара, выплаченного иностранному партнеру.