В силу статьи 13 Налогового кодекса РФ налог на прибыль и НДФЛ относятся к федеральным налогам, следовательно, их взаимозачет возможен.

В связи с образовавшейся переплатой по налогу на прибыль организаций, уплачиваемому в федеральный бюджет, налогоплательщик обратился в налоговый орган с заявлением о зачете переплаты в счет НДФЛ.
Инспекция отказала в проведении зачета со ссылкой на статью 78, пункт 1 статьи 226 Налогового кодекса РФ, в связи с тем, что зачет переплаты юридического лица по налогу на прибыль в счет будущих платежей этого лица по НДФЛ как налогового агента не может быть произведен.
Посчитав отказ налогового органа в проведении зачета незаконным, налогоплательщик обратился в арбитражный суд.
Удовлетворяя заявленные требования, суды, руководствуясь статьей 78 Налогового кодекса РФ, пришли к выводу о том, что отказ налогового органа является неправомерным, поскольку в силу статьи 13 Налогового кодекса РФ налог на прибыль и НДФЛ относятся к федеральным налогам, следовательно, их взаимозачет возможен, в связи с чем правовых оснований для отказа в проведении зачета излишне уплаченного налога на прибыль в счет будущих платежей по НДФЛ у налогового органа не имелось.
Ссылка налогового органа на пункт 9 статьи 226 Налогового кодекса РФ, согласно которому уплата НДФЛ за счет средств налогового агента не допускается, была судами отклонена, поскольку данный запрет на право налогоплательщика на зачет сумм переплаты по одному налогу в счет будущих платежей по другому налогу не распространяется, а касается случаев уплаты налоговым агентом НДФЛ за счет собственных средств, без удержания налога из доходов налогоплательщика - физического лица при их фактической выплате.