В случае пропуска трехлетнего срока налогоплательщик вправе обратиться в суд с имущественным требованием и просить возвратить из бюджета переплаченную сумму налога, либо зачесть ее в счет погашения своих обязательств перед бюджетом.

  Обжалуя в суд решение инспекции об отказе в проведении зачета излишне уплаченного налога на добавленную стоимость, налогоплательщик указывал, что право на зачет переплаты он не утратил, так как указанный факт был выявлен только в ходе выездной проверки.
Налоговики в свою очередь полагали, что оснований к обязанию ее произвести зачет переплаты по НДС не имеется, так как заявление о зачете излишне уплаченного налога подано в налоговый орган за пределами трехлетнего срока с момента уплаты налога в нарушение требований, установленных пунктом 7 статьи 78 Налогового кодекса РФ.
Удовлетворяя требования налогоплательщика, суд исходил из следующего.
Заявление о зачете или о возврате суммы излишне уплаченного налога может быть подано в налоговый орган в течение трех лет со дня уплаты указанной суммы, если иное не предусмотрено настоящим Кодексом (п. 7 ст. 78 Кодекса).
В случае пропуска налогоплательщиком срока, установленного пунктом 7 статьи 78 Кодекса, он вправе обратиться в суд с имущественным требованием и просить возвратить из бюджета переплаченную сумму налога, либо зачесть ее в счет погашения своих обязательств перед бюджетом. В этом случае подлежат применению общие правила исчисления срока исковой давности - с момента, когда налогоплательщик узнал или должен был узнать об излишней уплате налога.
Вопрос определения момента, когда налогоплательщик узнал или должен был узнать об излишней уплате налога, разрешается судом с учетом оценки всех имеющих значение для дела обстоятельств.
Судом при рассмотрении спора установлено, что налогоплательщик узнал о наличии у него переплаты в 2009 г.
При таких обстоятельствах, суд пришел к выводу о том, что налогоплательщик при обращении в суд в 2010 г. с заявлением об обязании налогового органа произвести зачет переплаты налога не пропустил трехлетний срок исковой давности.