Факт непредставления налогоплательщиком документов в ходе налоговой проверки не исключает возможности их последующего представления в суд для оценки в совокупности с другими доказательствами.

  В ходе выездной налоговой проверки документы, подтверждающие правомерность применения налоговых вычетов, Предпринимателем по требованию инспекции представлены не были, что послужило основанием для выводов налогового органа о занижении суммы НДС, подлежащего уплате в бюджет, а также для доначисления налога, начисления пени и применения мер ответственности в виде штрафа.
Данные документы были представлены в суд первой инстанции, в связи с чем, суд пришел к выводу о неправомерности произведенных инспекцией доначислений и привлечения налогоплательщика к ответственности в связи со следующим.
В соответствии с правовой позицией Конституционного Суда РФ, отраженной в Постановлении от 28.10.1999 г. № 14-П и Определении от 18.04.2006 г. № 87-О, гарантируемая статьями 35 и 46 Конституции РФ судебная защита прав и законных интересов налогоплательщиков не может быть обеспечена, если суды при принятии решения о правомерности отказа в предоставлении заявленных налоговых вычетов исходят из одного только отсутствия у налогового органа документов, подтверждающих правильность их применения, без установления, исследования и оценки всех имеющих значение для правильного разрешения дела обстоятельств, в частности, счетов-фактур и иных документов, подтверждающих уплату налога, а также других фактических обстоятельств, которые в соответствии с налоговым законодательством должны учитываться при решении вопросов о возможности предоставления налоговых вычетов и привлечении налогоплательщика к налоговой ответственности.
Согласно Определению Конституционного Суда РФ от 12.07.2006 г. № 267-О часть 2 статьи 200 АПК РФ предполагает, что налогоплательщик вправе представить, а арбитражные суды обязаны исследовать документы, которые являются основанием получения налогового вычета, независимо от того, были ли эти документы истребованы и исследованы налоговым органом при решении вопроса о привлечении налогоплательщика к налоговой ответственности и предоставлении налогового вычета.
В силу пункта 9 Постановления Пленума Высшего Арбитражного Суда РФ от 28.02.2001 г. № 5 «О некоторых вопросах применения части первой Налогового кодекса Российской Федерации», при оспаривании решения о привлечении к налоговой ответственности, арбитражный суд обязан принять и оценить документы и иные доказательства, представленные налогоплательщиком.
Таким образом, факт непредставления налогоплательщиком документов в ходе налоговой проверки не исключает возможности их последующего представления в суд для оценки в совокупности с другими доказательствами по правилам статьи 71 АПК РФ.
Материалами дела подтверждено, что использование товаров в деятельности, облагаемой  НДС, наличие счетов-фактур инспекцией не оспаривается и претензий к оформлению представленных налогоплательщиком в суд документов, обосновывающих право на применение налоговых вычетов, налоговым органом не заявлено, расчет налоговых вычетов не оспорен.
Кроме того, Предприниматель пояснил, что в ходе проверки им не предпринимались меры по восстановлению первичных документов, подтверждающих налоговые вычеты, поскольку содержание акта выездной проверки указывало на использование проверяющими при доначислении налога расчетного метода, не предполагающего обязательное наличие первичных документов.