При определении сумм налогов расчетным путем на основании имеющейся у налоговых органов информации о налогоплательщике, должны быть учтены и суммы расходов, фактически имевших место.

У налогоплательщика бывшим руководителем были похищены первичные бухгалтерские документы, в т.ч. главная книга, кассовые книги, оборотные ведомости.
При проведении проверки, налоговый орган базу для расчета НДС и налога на прибыль определил на основании выписки банка без учета реальных затрат на ГСМ, при наличии данных о расходах налогоплательщика на ГСМ, а также о суммах уплаченного налога.
Признавая недействительным решение налоговиков, суды указали, что налог на прибыль рассчитан без учета расходов налогоплательщика, фактически имевших место. Налоговым органом не учтены положения п. 7 ст. 31 Налогового кодекса РФ, подлежащие применению при допущенной утрате бухгалтерской документации.