ФНС России в своем письме от 05.02.2014 № ГД-4-3/1890@ сообщает, что в случае утраты права на применение патентной системы налогообложения в связи с неуплатой налога (полной или частичной) в установленные сроки у ИП с начала налогового периода, на который ему был выдан патент, возникает обязанность по исчислению и уплате налогов по общему режиму.

В этой связи, после утраты индивидуальным предпринимателем права на применение патентной системы налогообложения налог, который не был им уплачен (полностью или частично) в период применения патентной системы налогообложения, взысканию не подлежит.

В случае если налогоплательщик получил два и более патента на право применения патентной системы налогообложения и не уплатил (полностью или частично) налог по одному из патентов, он считается утратившим право на применение патентной системы налогообложения и перешедшим на общий режим налогообложения только по тому патенту, налог по которому им не был уплачен (полностью или частично).

При этом налогоплательщик считается утратившим право применять патентную систему налогообложения, в целом, по всем выданным ему патентам при наступлении случаев, предусмотренных подпунктами 1 и 2 пункта 6 статьи 346.45 Кодекса.