Департамент налоговой и таможенно-тарифной политики Минфина России в своем письме от 17 июля 2009 г. № 03-04-06-01/174 рассмотрел вопрос налогообложения налогом на доходы физических лиц дохода в виде материальной выгоды, полученной от экономии на процентах за пользование долгосрочным беспроцентным займом.

В случае если организацией выдан беспроцентный заем, говорится в письме финансового ведомства, то фактической датой получения доходов в виде материальной выгоды следует считать соответствующие даты возврата заемных средств.
При получении налогоплательщиком от организации дохода в виде материальной выгоды от экономии на процентах за пользование заемными средствами организация признается налоговым агентом и обязана исполнять обязанности, предусмотренные для налоговых агентов ст. 226 Кодекса.
Согласно абз. 2 п. 4 ст. 226 Кодекса удержание у налогоплательщика начисленной суммы налога производится налоговым агентом за счет любых денежных средств, выплачиваемых налоговым агентом налогоплательщику, при фактической выплате указанных денежных средств налогоплательщику либо по его поручению третьим лицам. При этом удерживаемая сумма налога не может превышать 50 процентов суммы выплаты.
Таким образом, если организация помимо выдачи беспроцентного займа осуществляет выплату налогоплательщику каких-либо доходов (например, заработной платы), то налог на доходы физических лиц с дохода в виде материальной выгоды должен удерживаться из таких выплат и за счет них с соблюдением установленного Кодексом ограничения.
При этом удержание сумм налога из заработной платы работника до даты фактического получения дохода не допускается.
В случае если сумма налога, подлежащего удержанию из доходов физического лица, превышает установленное Кодексом ограничение, применяются положения п. 5 ст. 226 Кодекса, в соответствии с которыми при невозможности удержать у налогоплательщика исчисленную сумму налога налоговый агент обязан в течение одного месяца с момента возникновения соответствующих обстоятельств письменно сообщить в налоговый орган по месту своего учета о невозможности удержать налог и сумме задолженности налогоплательщика.