Предусмотрено три варианта его применения. 

Во-первых, в размере положительного финансового результата, полученного в налоговом периоде от реализации или погашения ценных бумаг, обращающихся на ОРЦБ. Это ценные бумаги, допущенные к торгам российского организатора торговли на рынке ценных бумаг, в том числе на фондовой бирже или инвестиционные паи открытых ПИФ, управляют которыми российские управляющие компании. А вот ценные бумаги иностранных эмитентов, допущенные к торгам на иностранных фондовых биржах под вычет не попадают. Кроме того, указанные ценные бумаги должны находиться в собственности налогоплательщика более трёх лет. 

Во-вторых, в сумме денежных средств, внесенных налогоплательщиком в налоговом периоде на его индивидуальный инвестиционный счет. 

В-третьих, в сумме доходов, полученных по операциям, учитываемым на индивидуальном инвестиционном счете. 

Налогоплательщик может воспользоваться только одним видом налогового вычета.

В п. 2 ст. 219.1 НК РФ устанавливается предельный размер первого варианта налогового вычета. Если коротко, то предельный размер налогового вычета составляет 3 млн. руб. за каждый год, превышающий установленный трехлетний период владения ценными бумагами. Т.е. если плательщик НДФЛ владел паями ПИФ, обращающимися на фондовой бирже, в течение 5 лет, после чего их реализовал, то налоговый вычет составит рассчитанную сумму НДФЛ в отношении соответствующей категории операций, но не более 6 млн. руб. Если операции физическое лицо совершало операции  ценными бумагами с различным сроком владения, расчет соответствующего коэффициента осуществляется по формуле, определяющей его  средневзвешенное значение.

Инвестиционный налоговый вычет, предусмотренный вторым вариантом, предоставляется в сумме денежных средств, внесенных в налоговом периоде на индивидуальный инвестиционный счет, но не более 400 000 рублей.

Инвестиционный налоговый вычет, предусмотренный в третьем варианте, предоставляется по окончании договора на ведение индивидуального инвестиционного счета при условии истечения не менее трех лет с даты заключения налогоплательщиком договора на ведение индивидуального инвестиционного счета.