В письме Минфина России от 16.09.2009 № 03-11-06/2/188 рассматривается ситуация, когда организация на УСН, занимающаяся оптовой торговлей, получает оплату за реализованный товар частями. Каким образом в этом случае нужно учитывать стоимость реализованного товара в расходах?

Минфин говорит, что так же - частями.
В соответствии с пп. 23 п. 1 ст. 346.16 НК РФ при определении налоговой базы налогоплательщики на УСН учитывают расходы по оплате стоимости товаров, приобретенных для дальнейшей реализации и расходы, связанные с приобретением и реализацией указанных товаров, в том числе расходы по хранению, обслуживанию и транспортировке товаров.
При этом в пп. 2 п. 2 ст. 346.17 НК РФ установлено, что расходы по оплате стоимости таких товаров учитываются при определении налоговой базы по мере их реализации.
Здесь есть тонкость. С одной стороны, согласно п. 1 и 2 ст. 39 НК РФ реализацией товаров признается передача права собственности на них одним лицом другому лицу. С другой стороны, момент фактической реализации товаров определяется особенностями второй части НК РФ.
Согласно п. 1 ст. 346.17 НК РФ для налогоплательщиков на УСН дата получения доходов определяется кассовым методом. Поэтому моментом реализации товаров у налогоплательщиков на УСН следует считать день поступления денег, иного имущества или имущественных прав за реализованные товары.
Следовательно, при частичной оплате реализованной будет считаться только оплаченная часть товаров.
(См., также, письма Минфина России от 11.06.09 № 03-11-09/205 и от 18.12.07 № 03-11-04/2/308).
И в налоговые расходы можно включить только ту часть покупной стоимости товаров, которая относится к оплаченной покупателем части. При этом стоимость товаров списывается в расходы согласно одному из методов оценки покупных товаров, предусмотренных в пп. 2 п. 2 ст. 346.17 НК РФ:
- по стоимости первых по времени приобретения (ФИФО); 
- по стоимости последних по времени приобретения (ЛИФО); 
- по средней стоимости; 
- по стоимости единицы товара.