Минфин России в письме от 22.10.2009 г. № 03-04-06-01/269 подтвердил, что в течение года стандартные налоговые вычеты в те месяцы, когда у налогоплательщика не было налоговой базы по НДФЛ, учитывать можно.

В соответствии со ст. 218 НК РФ стандартные налоговые вычеты предоставляются за каждый месяц налогового периода, (то есть года), путем уменьшения в каждом месяце этого периода налоговой базы по НДФЛ на соответствующий размер вычета.
Если сумма вычетов по итогам года окажется больше суммы доходов, облагаемых НДФЛ, то начислять и платить налог не надо. Однако полученная разница на следующий год не переносится.
А вот в течение года картина совсем другая. Если в каком-то месяце сумма вычета оказывается больше суммы дохода, (даже если никакого дохода нет вообще), то разница переносится на следующий месяц, и участвует в расчете НДФЛ.
Такое же мнение Минфин России высказывал и в письмах от 21.07.09 № 03-04-05-01/574 и от 19.08.08 № 03-04-06-01/254.