Налоговые органы не обязаны вызывать компанию, в отношении которой проводится проверка, на допрос свидетеля - контрагента, а также вручать ей копию протокола допроса.

В качестве аргуменов Минфин России в своем Письме от 06.11.2009 г. № 03-02-08/82 приводит следующее. 
Согласно п. 1 ст. 90 Кодекса в качестве свидетеля для дачи показаний может быть вызвано любое физическое лицо, которому могут быть известны какие-либо обстоятельства, имеющие значение для осуществления налогового контроля.
Пунктом 2 указанной статьи определены лица, которые не могут быть допрошены в качестве свидетеля. К указанным лицам не относится сторона сделки купли-продажи (покупатель).
Кодексом не предусмотрено присутствие лица, в отношении которого проводилась налоговая проверка, при допросе свидетеля, а также вручение этому лицу копии протокола допроса.
Вместе с тем в соответствии с п. п. 1, 2 и 4 ст. 101 Кодекса лицо, в отношении которого проводилась налоговая проверка, вправе участвовать в процессе рассмотрения материалов указанной проверки, в том числе материалов, полученных в результате дополнительных мероприятий налогового контроля, подтверждающих факт совершения нарушения законодательства о налогах и сборах, лично и (или) через своего представителя.
Согласно п. 14 ст. 101 Кодекса несоблюдение должностными лицами налоговых органов требований, установленных Кодексом, может являться основанием для отмены решения налогового органа вышестоящим налоговым органом или судом.
К таким основаниям отнесены нарушения существенных условий процедуры рассмотрения материалов налоговой проверки. К существенным условиям относится обеспечение возможности лица, в отношении которого проводилась проверка, участвовать в процессе рассмотрения материалов налоговой проверки лично и (или) через своего представителя и обеспечение возможности налогоплательщика представлять объяснения.
Основанием для отмены решения налогового органа вышестоящим налоговым органом или судом могут являться иные нарушения процедуры рассмотрения материалов налоговой проверки, если только такие нарушения привели или могли привести к принятию руководителем (заместителем руководителя) налогового органа неправомерного решения.