В письме Минфина России от 14.01.2010 г. № 03-07-09/02 финансисты поддержали налоговые органы, (см. письмо ФНС России от 09.07.09 № ШС-22-3/553@), указав, что в налоговом законодательстве отсутствует норма, предусматривающая право индивидуального предпринимателя возлагать обязанность подписывать счета-фактуры на уполномоченных им лиц.

Очевидно, что в Минфине России индивидуального предпринимателя иначе, чем как мелкого кустаря и не рассматривают. Однако, строго говоря, бывают и крупные индивидуальные предприниматели, у которых могут быть сотни, тысячи счетов-фактур.
Действительно, в соответствии с п. 6 ст. 169 Налогового кодекса РФ счет-фактура подписывается руководителем и главным бухгалтером организации либо иными лицами, уполномоченными на то приказом (иным распорядительным документом) по организации или доверенностью от имени организации. При выставлении счета-фактуры индивидуальным предпринимателем счет-фактура подписывается индивидуальным предпринимателем с указанием реквизитов свидетельства о государственной регистрации этого индивидуального предпринимателя.
Налоговые органы, исходя из этого определения, настаивают, что законодатели предусмотрели для индивидуальных предпринимателей исключительно личную подпись в счете-фактуре.
Однако существует не столь уж давнее постановление ФАС Северо-Кавказского округа от 11.03.2008 г. № Ф08-949/08-334А, где суд признал полностью соответствующим законодательству счет-фактуру, подписанный не предпринимателем, а уполномоченным им лицом. Причем даже не на основании нотариальной доверенности, как ошибочно указывают некоторые авторы, а на основании простого распоряжения индивидуального предпринимателя.
У индивидуальных предпринимателей есть шанс отстоять свое право через суд, хотя, конечно, одного постановления суда явно маловато. Однако если желание судиться отсутствует, лучше все же подписывать счета-фактуры лично.