По завершении налогового периода и подачи сведений в налоговую инспекцию о тех доходах работника, с которых он не смог удержать НДФЛ в прошедшем налоговом периоде, обязанность налогового агента по удержанию налога с этих доходов прекращается.

По общему правилу российские организации, от которых или в результате отношений с которыми налогоплательщик получил доходы, указанные в п. 2 ст. 226 Налогового кодекса РФ, обязаны исчислить, удержать у налогоплательщика и уплатить сумму НДФЛ.
Однако бывают и нестандартные ситуации. Например, у работодателя есть обязанность удержать и уплатить налог с работника, но сделать это он может только уже в следующем налоговом периоде. При этом сам работник к этому времени уволился. И, вполне возможно, будет самостоятельно подавать в налоговую инспекцию налоговую декларацию по НДФЛ. Не получится ли двойное удержание налога?
Ответ на этот вопрос приведен в письме Минфина России от 09.02.2010 г. № 03-04-06/10-12.
Согласно п. 4 ст. 226 Налогового кодекса РФ налоговые агенты обязаны удержать начисленную сумму НДФЛ непосредственно из доходов налогоплательщика при их фактической выплате.
Удержание у налогоплательщика начисленной суммы налога производится налоговым агентом за счет любых денежных средств, выплачиваемых налоговым агентом налогоплательщику, при фактической выплате указанных денежных средств налогоплательщику, или, по его поручению, третьим лицам. При этом удерживаемая сумма налога не может превышать 50 процентов суммы выплаты.
На основании п. 5 ст. 226 Налогового кодекса РФ при невозможности удержать у налогоплательщика исчисленную сумму налога налоговый агент обязан письменно сообщить и налогоплательщику, и налоговому органу по месту своего учета о невозможности удержать НДФЛ и сумме налога. Сделать это нужно теперь не позднее одного месяца с момента окончания налогового периода, в котором возникли соответствующие обстоятельства.
Напомним, что согласно п. 1 ст. 229 Налогового кодекса РФ налоговая декларация представляется не позднее 30 апреля года, следующего за истекшим налоговым периодом, (то есть календарным годом).
Таким образом, работник будет в курсе произошедших событий, и, даже если он подал налоговую декларацию по НДС в январе, у него еще будет время все исправить.
Что касается налогового агента, то после подачи сведений в налоговую инспекцию о тех доходах работника, с которых он не смог удержать НДФЛ в прошедшем налоговом периоде, его обязанность по удержанию налога с этих доходов прекращается.