Зачастую заправка топливом служебного транспорта осуществляется за наличный расчет. В результате у водителя на руках оказываются кассовые чеки, в которых НДС не выделен. Можно ли рассчитать сумму входного НДС самостоятельно, используя расчетную ставку, и предъявить его к вычету из бюджета?

Нет, нельзя. Об этом сказано в письме Минфина России от 09.03.2010 г. № 03-07-11/51.
Согласно п. 1 ст. 172 Налогового кодекса РФ вычеты сумм НДС производятся на основании:
- счетов-фактур, выставленных продавцами при продаже товаров, работ, услуг, имущественных прав; 
- документов, подтверждающих фактическую уплату сумм налога при ввозе товаров на таможенную территорию РФ; 
- документов, подтверждающих уплату сумм налога, удержанного налоговыми агентами; 
иных документов в случаях, предусмотренных п. п. 3, 6 - 8 ст. 171 Налогового кодекса РФ. 
Указанными пунктами ст. 171 Налогового кодекса РФ предусмотрены особенности вычета сумм НДС, уплаченных налогоплательщиком непосредственно в бюджет, а также сумм налога, уплаченных работниками в составе командировочных расходов.
Таким образом, особенности вычета сумм НДС в отношении товаров, приобретаемых в организациях розничной торговли, НК РФ не предусмотрены.
Однако финансисты были осторожны, и отметили, что это только их собственное мнение. И недаром.
Есть постановление Президиума ВАС РФ от 13.05.2008 г. № 17718/07, есть постановление ФАС Восточно-Сибирского округа от 31.07.2008 г. № А78-6177/07-С3-22/56-Ф02-3423/08 по делу № А78-6177/07-С3-22/56, и есть постановление ФАС Северо-Западного округа от 14.11.2007 г. по делу № А56-33572/2006. Там судьи решили, что при приобретении ГСМ в розничной торговле для получения права на вычет НДС достаточно наличия только оплаченных чеков ККМ.
Однако нужно учесть одну важнейшую особенность – в этих чеках ККМ НДС был выделен отдельной строкой!
На наш взгляд, если в чеке ККМ нет выделенной суммы налога, то получить налоговый вычет по НДС органазация не вправе. Ведь в этом случае покупателю нужно не только предъявить сам чек ККМ, но еще и доказать, что продавец ГСМ является налогоплательщиком НДС!