В Письме от 1 июня 2010 г. № 03-07-09/33 Минфин высказался за признание счетов-фактур, составленных с использованием факсимильной подписи, составленными с нарушением установленного порядка и об отсутствии оснований для принятия предъявленных покупателю продавцом сумм НДС к вычету по таким счетам-фактурам.

В Письме указано, что в соответствии с п. 6 ст. 169 Налогового кодекса РФ счет-фактура подписывается руководителем и главным бухгалтером организации либо иными лицами, уполномоченными на то приказом (иным распорядительным документом) по организации или доверенностью от имени организации.
Пунктом 2 ст. 160 Гражданского кодекса РФ предусмотрено, что использование при совершении сделок факсимильного воспроизведения подписи с помощью средств механического или иного копирования, электронно-цифровой подписи либо иного аналога собственноручной подписи допускается в случаях и в порядке, предусмотренных законом, иными правовыми актами или соглашением сторон.
Использование счетов-фактур, подписанных факсимильной подписью, Налоговым кодексом не предусмотрено.
Учитывая изложенное, финансисты приходят к выводу, что счета-фактуры, составленные с использованием факсимильной подписи, признаются составленными с нарушением установленного порядка и не могут являться основанием для принятия предъявленных покупателю продавцом сумм налога к вычету.