По мнению Минфина России, выраженного в Письме от 25 августа 2010 г. № 03-07-11/363, в отношении налоговых вычетов по НДС отсутствуют основания для применения положений статьи 54 Налогового кодекса РФ.

Согласно абзаца 3 пункта 1 статьи 54 Налогового кодекса РФ в редакции Федерального закона от 26.11.2008 г. № 224-ФЗ «О внесении изменений в часть первую, часть вторую Налогового кодекса Российской Федерации и отдельные законодательные акты Российской Федерации» с 1 января 2010 г. налогоплательщик вправе провести перерасчет налоговой базы и суммы налога за налоговый (отчетный) период, в котором выявлены ошибки (искажения), относящиеся к прошлым налоговым (отчетным) периодам, в тех случаях, когда допущенные ошибки (искажения) привели к излишней уплате налога.
В Письме финансисты отмечают, что порядок определения налоговой базы по налогу на добавленную стоимость при реализации товаров (работ, услуг) и исчисления суммы этого налога установлен нормами статей 154 и 166 Кодекса.
Так, согласно пункту 1 статьи 154 Кодекса налоговая база при реализации налогоплательщиком товаров (работ, услуг) определяется как стоимость этих товаров (работ, услуг), исчисленная исходя из цен, определяемых в соответствии со статьей 40 Кодекса, с учетом акцизов (для подакцизных товаров) и без включения в них налога.
Пунктом 1 статьи 166 Кодекса установлено, что сумма налога на добавленную стоимость исчисляется как соответствующая налоговой ставке процентная доля налоговой базы, а при раздельном учете - как сумма налога, полученная в результате сложения сумм налогов, исчисляемых отдельно как соответствующие налоговым ставкам процентные доли соответствующих налоговых баз.
Таким образом, вышеуказанные положения статьи 54 Кодекса в отношении налоговых вычетов по налогу на добавленную стоимость не применяются.
(Письмо Минфина России от 25.08.2010 г. № 03-07-11/363)