Минфин России в своем Письме от 24 сентября 2010 г. № 03-11-06/3/132 рассмотрел порядок ведения раздельного учета при одновременном применении системы налогообложения в виде единого налога на вмененный доход и упрощенной системы налогообложения.

В Письме указано, что согласно пункту 7 статьи 346.26 Налогового кодекса РФ  налогоплательщики, осуществляющие наряду с предпринимательской деятельностью, подлежащей налогообложению единым налогом на вмененный доход, иные виды предпринимательской деятельности, обязаны вести раздельный учет имущества, обязательств и хозяйственных операций в отношении предпринимательской деятельности, подлежащей налогообложению единым налогом, и предпринимательской деятельности, в отношении которой налогоплательщики уплачивают налоги в соответствии с иным режимом налогообложения. При этом учет имущества, обязательств и хозяйственных операций в отношении видов предпринимательской деятельности, подлежащих налогообложению единым налогом на вмененный доход, осуществляется налогоплательщиками в общеустановленном порядке.
Налогоплательщики, осуществляющие наряду с предпринимательской деятельностью, подлежащей налогообложению единым налогом на вмененный доход, иные виды предпринимательской деятельности, исчисляют и уплачивают налоги и сборы в отношении данных видов деятельности в соответствии с иными режимами налогообложения, предусмотренными Кодексом.
На основании пункта 1 статьи 346.11, пункта 4 статьи 346.12 и пункта 1 статьи 346.26 Кодекса упрощенная система налогообложения может применяться наряду с системой налогообложения в виде единого налога на вмененный доход.
Пунктом 8 статьи 346.18 Кодекса установлено, что налогоплательщики, переведенные по отдельным видам деятельности на уплату единого налога на вмененный доход для отдельных видов деятельности в соответствии с главой 26.3 Кодекса, ведут раздельный учет доходов и расходов по разным специальным налоговым режимам. В случае невозможности разделения расходов при исчислении налоговой базы по налогам, исчисляемым по разным специальным налоговым режимам, эти расходы распределяются пропорционально долям доходов в общем объеме доходов, полученных при применении указанных специальных налоговых режимов.
Порядок ведения раздельного учета при применении налогоплательщиками одновременно системы налогообложения в виде единого налога на вмененный доход и упрощенной системы налогообложения Кодексом не установлен.
Таким образом, организация самостоятельно разрабатывает и утверждает порядок ведения раздельного учета. При этом применяемый организацией способ раздельного учета должен позволять однозначно отнести те или иные показатели к разным видам предпринимательской деятельности.
Разработанный организацией порядок ведения раздельного учета должен быть закреплен в приказе об учетной политике или в любом локальном документе, утвержденном приказом по организации (приказом индивидуального предпринимателя), или нескольких документах, которые в совокупности будут содержать все правила, касающиеся порядка ведения организацией раздельного учета. При его разработке необходимо руководствоваться Федеральным законом от 21 ноября 1996 г. № 129-ФЗ «О бухгалтерском учете».
(Письмо Минфина России от 24.09.2010 г. № 03-11-06/3/132)