По мнению Минфина, возмещение ущерба по договору не связано с реализацией и объектом налогообложения налогом на добавленную стоимость не является.

В Письме Минфина России от 13 октября 2010 г. № 03-07-11/406 рассмотрен вопрос необходимости применения налога на добавленную стоимость при возмещении заказчиком работ стоимости утерянного имущества.
Финансисты указывают, что согласно пункту 3 статьи 168 Налогового кодекса РФ счета-фактуры выставляются налогоплательщиком налога на добавленную стоимость при реализации товаров (работ, услуг).
В соответствии с подпунктом 1 пункта 1 статьи 146 Кодекса объектом налогообложения налогом на добавленную стоимость признаются операции по реализации товаров (работ, услуг). При этом на основании пункта 1 статьи 39 Кодекса реализацией товаров признается передача на возмездной основе права собственности на товары, а в случаях, предусмотренных Кодексом, передача права собственности на товары на безвозмездной основе.
Таким образом, возмещение заказчиком стоимости утерянного имущества не связано с реализацией и на основании указанной нормы статьи 146 Кодекса объектом налогообложения налогом на добавленную стоимость не является. В связи с этим при возмещении заказчиком стоимости потерянного имущества подрядчиком счета-фактуры не выставляются.
(Письмо Минфина России от 13.10.2010 г. № 03-07-11/406)