Если организация создала обособленное подразделение, которое не является филиалом или представительством, и не указала его в качестве таковых в своих учредительных документах, то она вправе применять упрощенную систему налогообложения.

В своем Письме от 10 декабря 2010 г. № 03-11-06/2/186 Минфин России рассмотрел вопрос о применении УСН, в случае если организация создала обособленное подразделение.
В Письме сообщается, что в соответствии с подпунктом 1 пункта 3 статьи 346.12 Налогового кодекса РФ не вправе применять упрощенную систему налогообложения организации, имеющие филиалы и (или) представительства.
Поскольку законодательство о налогах и сборах не содержит определения понятий «филиал» и «представительство» для целей налогообложения, то на основании статьи 11 Кодекса в подобной ситуации институты, понятия и термины гражданского и других отраслей законодательства Российской Федерации, используемые в Кодексе, применяются в том значении, в каком они используются в этих отраслях законодательства, если иное не предусмотрено Кодексом.
Из статьи 55 Гражданского кодекса РФ следует, что представительством является обособленное подразделение юридического лица, расположенное вне места его нахождения, которое представляет интересы юридического лица и осуществляет их защиту.
Филиалом является обособленное подразделение юридического лица, расположенное вне места его нахождения и осуществляющее все его функции или их часть, в том числе функции представительства.
Представительства и филиалы не являются юридическими лицами. Они наделяются имуществом создавшим их юридическим лицом и действуют на основании утвержденных им положений.
На этом основании финансисты приходят к выводу, что если организация создала обособленное подразделение, которое не является филиалом или представительством, и не указала его в качестве таковых в своих учредительных документах, то она вправе применять упрощенную систему налогообложения при условии соблюдения норм главы 26.2 Кодекса.
(Письмо Минфина России от 10.12.2010 г. № 03-11-06/2/186)