По мнению Минфина России, выраженному в Письме от 29 ноября 2010 г. № 03-03-06/1/742, расходы по аренде автомобиля сотрудником, находящимся в командировке, можно учитывать в составе расходов при условии их документального оформления и обоснования.

В своем Письме финансисты напоминают, что согласно подпункту 12 пункта 1 статьи 264 Налогового кодекса РФ к прочим расходам, связанным с производством и реализацией, относятся расходы на командировки, в частности на:
- проезд работника к месту командировки и обратно к месту постоянной работы;
- наем жилого помещения. По этой статье расходов подлежат возмещению также расходы работника на оплату дополнительных услуг, оказываемых в гостиницах (за исключением расходов на обслуживание в барах и ресторанах, расходов на обслуживание в номере, расходов за пользование рекреационно-оздоровительными объектами);
- суточные или полевое довольствие;
- оформление и выдачу виз, паспортов, ваучеров, приглашений и иных аналогичных документов;
- консульские, аэродромные сборы, сборы за право въезда, прохода, транзита автомобильного и иного транспорта, за пользование морскими каналами, другими подобными сооружениями и иные аналогичные платежи и сборы.
Таким образом, расходы по аренде автомобиля сотрудником или группой сотрудников, находящихся в командировке, по мнению Минфина, можно учитывать в составе расходов при условии их документального оформления и обоснования.
В случае аренды автомобиля работником во время командировки документами, подтверждающими произведенные расходы, могут являться договор аренды, акт о передаче/возврате автомобиля, счета, чеки и иные документы, подтверждающие оплату услуг по предоставлению автомобиля в аренду, документы, подтверждающие размещение автомобиля на парковку, стоянку (при наличии).
Касательно обложения налогом на доходы физических лиц сумм возмещения организацией расходов работников по аренде автомобиля во время их нахождения в служебной командировке в Письме сообщается следующее.
Статьей 168 Трудового кодекса РФ предусмотрено, что в случае направления в служебную командировку работодатель обязан возмещать работнику расходы по проезду. При этом порядок и размеры возмещения расходов, связанных со служебными командировками, определяются коллективным договором или локальным нормативным актом организации.
В соответствии с пунктом 3 статьи 217 Налогового кодекса РФ не подлежат обложению налогом на доходы физических лиц все виды установленных действующим законодательством Российской Федерации компенсационных выплат (в пределах норм, установленных в соответствии с законодательством Российской Федерации), связанных, в частности, с исполнением налогоплательщиком трудовых обязанностей (включая возмещение командировочных расходов).
При оплате работодателем налогоплательщику расходов на командировки как внутри страны, так и за ее пределы в доход, подлежащий налогообложению, не включаются, в частности, фактически произведенные и документально подтвержденные целевые расходы на проезд до места назначения и обратно, расходы на проезд в аэропорт или на вокзал в местах отправления, назначения или пересадок, на провоз багажа.
Ни Трудовой кодекс РФ, ни статья 217 Налогового кодекса РФ не содержат ограничений в отношении видов средств транспорта, используемых работником для проезда до места назначения и обратно.
Исходя из вышеизложенного, суммы оплаты организацией аренды автомобиля для проезда работников при нахождении их в командировке относятся к числу компенсационных выплат, связанных с исполнением налогоплательщиками трудовых обязанностей.
При этом в организации должны иметься соответствующие оправдательные документы, подтверждающие использование арендованного автомобиля для служебных целей.
(Письмо Минфина России от 29.11.2010 г. № 03-03-06/1/742)