В Письме от 11 января 2011 г. № 03-07-11/01 Минфином России рассмотрен вопрос о порядке применения НДС в отношении сумм пеней, полученных продавцом от покупателя за нарушение договорных обязательств.

В Письме сообщается, что на основании подпункта 2 пункта 1 статьи 162 Налогового кодекса РФ налогообложению налогом на добавленную стоимость подлежат полученные налогоплательщиком денежные средства, связанные с оплатой реализованных этим налогоплательщиком товаров (работ, услуг).
По мнению финансистов, суммы денежных средств, полученных продавцом товаров (работ, услуг) от покупателя за нарушение договорных обязательств, следует относить к суммам, связанным с оплатой этих товаров (работ, услуг).
Таким образом, указанные суммы подлежат включению в налоговую базу по налогу на добавленную стоимость. При этом в соответствии с пунктом 19 Правил ведения журналов учета полученных и выставленных счетов-фактур, книг покупок и книг продаж, получателем указанных средств в книге продаж регистрируются счета-фактуры, выписанные в одном экземпляре.
Также сообщается, что согласно пункту 2 статьи 162 Кодекса положения указанного подпункта 2 пункта 1 статьи 162 Кодекса в отношении операций по реализации товаров (работ, услуг), которые не подлежат налогообложению (освобождаются от налогообложения), не применяются.
(Письмо Минфина России от 11.01.2011 г. № 03-07-11/01)