Применение специального налогового режима в виде УСН на основании уведомления налогового органа может рассматриваться как обстоятельство, исключающее вину лица в совершении налогового правонарушения.

В Письме Минфина России от 31 мая 2011 г. № 03-11-06/2/84 была рассмотрена следующая ситуация.
В течение двух лет общество на основании выданного налоговым органом уведомления применяло упрощенную систему налогообложения и уплачивало налоги в соответствии с требованием главы 26.2 Налогового кодекса РФ. Претензий со стороны налоговых органов не было.
При проведении выездной налоговой проверки было установлено, что налогоплательщик согласно подпункту 14 пункта 3 статьи 346.12 Кодекса не имел право применять специальный режим налогообложения, так как его учредителем с долей участия в уставном капитале в размере 100 % являлось юридическое лицо (акционерное общество).
В результате общество было привлечено к ответственности за неуплату налога на прибыль, налога на добавленную стоимость, единого социального налога, применения штрафных санкций по статьям 119, 122, 126 Налогового кодекса РФ.
Налогоплательщик спашивал: можно ли полученное уведомление рассматривать как разъяснение, служащее основанием для его освобождения от ответственности за совершение налоговых правонарушений, учитывая, что предоставленные сведения являлись достоверными на момент подачи заявления обществом и налоговая инспекция располагала сведениями об участниках ООО, которые составляли 100% доли юридического лица.
Рассмотрев данную ситуацию, финансисты отметили, что обстоятельствами, исключающими вину лица в совершении налогового правонарушения, признается выполнение налогоплательщиком письменных разъяснений о порядке исчисления, уплаты налога (сбора) или по иным вопросам применения законодательства о налогах и сборах, данных ему налоговым или другим уполномоченным органом государственной власти в пределах его компетенции (подпункт 3 пункта 1 статьи 111 Кодекса).
В судебно-арбитражной практике (в частности, Постановление Президиума Высшего Арбитражного Суда РФ от 7 октября 2008 г. № 6159/08) указывается, что применение вышеназванного специального налогового режима на основании уведомления налогового органа может рассматриваться как обстоятельство, исключающее вину лица в совершении налогового правонарушения. При этом пени, начисленные за несвоевременную уплату налогов по общему режиму налогообложения, подлежат уплате (определение Высшего Арбитражного Суда Российской Федерации от 29 января 2009 г. № ВАС-17613/08).
(Письмо Минфина России от 31.05.2011 г. № 03-11-06/2/84)