Как следовало из вопроса налогоплательщика, в установленный законом последний день уплаты НДС (20.01.2011 года) по каналу электронной связи он отправил в МИФНС заявление о проведении зачета суммы переплаты по налогу на прибыль в счет уплаты НДС. Решение о зачете принято налоговым органом 31.01.2011 года, за период с 21 по 31.01.2011 года начислены пени.
В Письме финансисты сообщают, что в силу пункта 5 статьи 78 Налогового кодекса РФ зачет суммы излишне уплаченного налога в счет погашения недоимки по иным налогам, задолженности по пеням и (или) штрафам, подлежащим уплате или взысканию в случаях, предусмотренных Кодексом, производится налоговыми органами самостоятельно. Решение о зачете суммы излишне уплаченного налога принимается налоговым органом в течение 10 дней со дня обнаружения им факта излишней уплаты налога.
Зачет суммы излишне уплаченного налога в счет предстоящих платежей налогоплательщика по этому или иным налогам осуществляется на основании письменного заявления налогоплательщика по решению налогового органа, которое должно быть принято в течение 10 дней со дня получения заявления налогоплательщика (пункт 4 статьи 78 Кодекса).
Таким образом, при отсутствии у налогоплательщика недоимки по иным налогам, в том числе по налогу на добавленную стоимость, налоговый орган не вправе самостоятельно (без заявления налогоплательщика) проводить зачет сумм излишне уплаченного налога в счет предстоящих платежей по этому или иным налогам.
В данной ситуации налоговый орган не нарушил установленный срок (в течение 10 дней) для принятия решения о зачете сумм излишне уплаченного налога на прибыль организаций в счет уплаты налога на добавленную стоимость.
Кодексом не предусмотрен пересчет сумм пеней, начисленных до момента принятия налоговым органом решения о зачете сумм излишне уплаченного налога в рассматриваемых обстоятельствах.
(Письмо Минфина России от 25.07.2011 г. № 03-02-07/1-260)