Минфин России в Письме от 16 февраля 2012 г. № 03-07-11/47 рассмотрел вопрос по  обязанности восстановления НДС при переходе на упрощенную систему налогообложения. 

  В Письме сообщается, что на основании подпункта 2 пункта 3 статьи 170 Налогового кодекса РФ при переходе налогоплательщика налога на добавленную стоимость на специальный налоговый режим в соответствии с главой 26.2 «Упрощенная система налогообложения» Кодекса суммы налога на добавленную стоимость по товарам (работам, услугам), в том числе основным средствам, нематериальным активам и имущественным правам, принятые к вычету этим налогоплательщиком до этого перехода, подлежат восстановлению.
В случае если до перехода организации на упрощенную систему налогообложения суммы налога на добавленную стоимость по товарам (работам, услугам, имущественным правам) к вычету не принимались, то оснований для указанного восстановления не имеется.