Налоговый орган, в котором организация состоит на учете до дня внесения в ЕГРЮЛ записи об изменении места нахождения этой организации, вправе вынести решение о проведении в отношении такой организации выездной налоговой проверки.

В Письме от 23 марта 2012 г. № 03-02-07/1-68 Минфин России рассмотрел правомерность проведения выездной налоговой проверки, если все мероприятия проводятся после снятия налогоплательщика с регистрационного учета в данном налоговом органе.
Финансисты сообщают, что в соответствии с пунктом 2 статьи 89 Кодекса решение о проведении выездной налоговой проверки выносит налоговый орган по месту нахождения организации, если иное не предусмотрено указанным пунктом.
Организация считается снятой с учета в налоговом органе по прежнему месту нахождения этой организации и одновременно поставленной на учет в налоговом органе по новому месту нахождения с даты внесения в Единый государственный реестр юридических лиц записи об изменении места нахождения юридического лица (пункты 3.6.1, 3.6.3 Порядка и условий присвоения, применения, а также изменения идентификационного номера налогоплательщика и форм документов, используемых при постановке на учет, снятии с учета юридических и физических лиц, утвержденного приказом МНС России от 03.03.2004 г. № БГ-3-09/178).
Таким образом, налоговый орган, в котором организация состоит на учете до дня внесения в Единый государственный реестр юридических лиц записи об изменении места нахождения этой организации, вправе вынести решение о проведении в отношении такой организации выездной налоговой проверки.