В Письме от 29 мая 2012 г. № АС-4-2/8792 ФНС России дала разъяснения по особенностям исчисления периода, который может быть охвачен выездной налоговой проверкой. 

  Налоговики напоминают, что Федеральным законом от 27.07.2010 г. № 229-ФЗ в пункт 4 статьи 89 Налогового кодекса РФ были внесены изменения, касающиеся вопросов представления уточненной налоговой декларации в рамках выездной налоговой проверки.
В указанной связи ФНС рекомендует налоговым органам учитывать следующее:
1) норма является исключением из общего правила о периоде, который может быть охвачен выездной налоговой проверкой (три календарных года, непосредственно предшествующих году, в котором вынесено решение о проведении проверки), как это предусмотрено абзацем вторым пункта 4 статьи 89 Кодекса;
2) норма применяется в случае представления налогоплательщиком уточненной налоговой декларации за период, превышающий три календарных года, предшествующих году, в котором представлена такая декларация;
3) норма предоставляет налоговому органу право провести выездную налоговую проверку за период, за который представлена уточненная налоговая декларация;
4) указанная выездная налоговая проверка может быть проведена, если соответствующий период не был ранее охвачен выездной налоговой проверкой;
5) момент представления уточненной налоговой декларации (во время проведения выездной налоговой проверки, до ее проведения, после проведения), для применения нормы значения не имеет.