В Письме от 9 июня 2012 г. № 03-02-07/1-140 Минфин России высказался об отсутствии оснований для списания задолженности по пеням в связи с тяжелым финансовым положением. 

  Финансисты в Письме напоминают, что в силу пункта 1 статьи 59 Налогового кодекса РФ недоимка, задолженность по пеням и штрафам, числящиеся за отдельными налогоплательщиками, уплата и (или) взыскание которых оказались невозможными, могут быть признаны безнадежными к взысканию в случаях, указанных в названном пункте.
Принятие решения о признании недоимки, задолженности по пеням и штрафам безнадежными к взысканию и об их списании входит в компетенцию налоговых органов, а также таможенных органов - по налогам, пеням, штрафам, подлежащим уплате в связи с перемещением товаров через таможенную границу Таможенного союза (п. 2 ст. 59 Кодекса).
Кодексом не предусмотрено списание задолженности по пеням в связи с тяжелым финансовым положением организации.