Минфин России в своем Письме от 13.07.2012 г. № 03-07-09/66 рассмотрел вопрос по порядку применения счетов-фактур при утилизации продукции.

  Как следовало из вопроса, покупатель отказывается от некачественной продукции, принятой им на учет, и по договоренности с продавцом производит ее утилизацию.
В Письме финансисты отмечают, что из норм Правил ведения журнала учета полученных и выставленных счетов-фактур, применяемых при расчетах по налогу на добавленную стоимость, утвержденных постановлением Правительства Российской Федерации от 26 декабря 2011 г. N 1137, следует, что счета-фактуры следует выставлять при фактическом возврате товаров их продавцу. В связи с этим в случае если товары не возвращаются, а утилизируются, то есть не перемещаются от покупателя к продавцу, покупателю выставлять счета-фактуры в вышеуказанном порядке оснований не имеется.
В данном случае согласно статье 154 Налогового кодекса РФ продавцу следует оформить для покупателя корректировочный счет-фактуру, в котором указать количество (объем) поставленных (отгруженных) товаров и их стоимость до и после утилизации.