Минфин России в своем Письме от 09 августа 2012 г. № 03-04-06/6-229 разъяснил порядок возврата излишне удержанных сумм налога на доходы физических лиц.

  В Письме финансисты указывают, что пунктом 1 статьи 231 Налогового кодекса РФ (в редакции, вступившей в силу с 1 января 2011 года) предусмотрено, что излишне удержанная налоговым агентом из дохода налогоплательщика сумма налога подлежит возврату налоговым агентом на основании письменного заявления налогоплательщика.
Возврат налогоплательщику излишне удержанной суммы налога производится налоговым агентом в соответствии со статьей 231 Кодекса за счет сумм этого налога, подлежащих перечислению в бюджетную систему Российской Федерации в счет предстоящих платежей как по указанному налогоплательщику, так и по иным налогоплательщикам, с доходов которых налоговый агент производит удержание налога, в течение трех месяцев со дня получения налоговым агентом соответствующего заявления налогоплательщика.
Возврат налоговому агенту перечисленной в бюджетную систему Российской Федерации суммы налога осуществляется налоговым органом в порядке, установленном статьей 78 Кодекса.
Вместе с заявлением на возврат излишне удержанной и перечисленной в бюджетную систему Российской Федерации суммы налога налоговый агент представляет в налоговый орган выписку из регистра налогового учета за соответствующий налоговый период и документы, подтверждающие излишнее удержание и перечисление суммы налога в бюджетную систему Российской Федерации.
Согласно пункту 7 статьи 78 Кодекса заявление о зачете или о возврате суммы излишне уплаченного налога может быть подано в течение трех лет со дня уплаты указанной суммы, если иное не предусмотрено Кодексом.
Положения статьи 231 Кодекса в редакции, действующей с 1 января 2011 года, применяются в отношении возврата сумм налога, в том числе излишне удержанных до 1 января 2011 года.